[2002-3년도 한국학술진흥재단 기초학문육성 지원사업]
"동아시아의 성장, 위기, 통합: 21세기 발전모델의 탐색"

동남아연구분과 1차년도 주제: 동남아 발전의 모순과 구조
참가 회원 20명(김민정, 김영애, 김종욱, 김홍구, 노영순, 박기덕, 박사명, 박승우, 배긍찬, 소병국, 신윤환, 오명석, 윤진표, 이동윤, 이요한, 이한우, 전제성, 조흥국, 최병욱, 황인원)
[동남아연구분과 2차년도 주제: 경제위기의 충격과 대응]

참가회원 21명(권율, 김동엽, 김민정, 김홍구, 노영순, 박기덕, 박사명, 박승우, 배긍찬, 신윤환, 오명석, 윤진표, 이동윤, 이요한, 이한우, 전제성, 정연식, 제대식, 조흥국, 홍석준, 황인원)
[2004년도 한국학술진흥재단 기초학문육성 지원사업]
"위기극복의 리더십: 동남아 4개국 정치지도자 비교연구"

참가 회원 6명(김민정, 박사명, 윤진표, 전제성, 황인원)
[2005-06년도 한국학술진흥재단 기초학문육성 지원사업]

"동남아 지역협력의 확대와 심화: '동아시아공동체'를 향하여"

1차년도 주제 - 동남아의 위기극복과 동아시아 지역협력: 구상과 과정
참가 회원 6명(권율, 박사명, 이재현, 전제성, 채수홍, 황인원)

2차년도 주제 - '동아시아공동체'의 동향과 과제:동남아를 중심으로
참가 회원 6명(권율, 박사명, 이재현, 전제성, 채수홍, 이한우)
[2007-08년도 학술진흥재단 기초연구과제 지원사업(인문사회분야)]

주제: 동남아의 초국가적 이슈에 대한 지역 거버넌스
(Regional Governance on Trans-Border Issues in Southeast Asia)
참가회원 8명( 윤진표, 김예겸, 조윤미, 조영희, 최호림, 박번순, 이동윤, 박승우)
앞으로 본 연구소에서 선정한 동남아지역 관련 중점 연구영역과 주제어들은 다음과 같다.

[공동연구계획: 동남아관련 중점 연구영역과 주제어]
중점 연구영역 주제어
민주화 정치개혁, 정치리더십, 사회운동, 선거민주주의
거버넌스 부패, 지방자치, 전자정부, 정보화
분쟁 및 갈등 종족갈등, 종교분쟁, 지역분리주의, 세대갈등, 테러리즘
노동 및 이주 노동시장, 노사관계, 노동정치, 해외이주노동자
대안적 발전 빈곤, 복지, 사회안전망, 비공식부문, 도시화, 환경, 자원
지역통합 동아시아협력, ASEAN, ASEAN+3, 지역 아이덴티티
한국과 동남아 관계사, 외교정책, 한국인투자기업, 공적개발원조(ODA)
지역연구 제도화 동남아전문연구소, 현지 Think Tank, Local Knowledge
세계화와 문화 한류, 문화교류, 도시문화, 신세대문화, 정보화와 문화
근대화와 정체성 토착왕권, 서구의 식민지배, 일제하 동남아, 독립운동